L'interno

L'interno, ampio e luminoso (lungo 61,81 m) nella sua imponente severità, è a tre navate, divise da otto grandi pilastri a fascio, circondati da una muratura cilindrica.

La navata centrale è illuminata da semplici finestre e divisa da quattro campate coperte da volte a crociera costolonate. La prima campata è ad archi a sesto acuto, gotici, diversi da quelli a tutto sesto, romanici, tipici del resto dell'edificio: il che fa pensare che sia stata realizzata per ultima.

Le due navate laterali sono più piccole e basse, coperte da otto volte a crociera, ordinate secondo un sistema detto 'alternato', che prevede per ogni campata centrale due piccole campate laterali. Nella navata sud, a destra, si può notare che la parete ha sostegni a sezione quadrangolare, più semplici di quelli, semicilindrici, della navata nord, a sinistra. Elemento anche questo che indica una diversità di datazione tra le due navate, la prima essendo più antica.

Diversi gioielli d'arte sono visibili all'interno della chiesa, a cominciare dal grande affresco dei Fiamminghini (Giovan Battista della Rovere e il fratello Giovan Mauro, così chiamati dalla patria del padre, nativo di Anversa: furono attivi tra gli ultimi decenni del '500 e i primi del '600), che illustra la consacrazione della chiesa.

Ai lati della porta maggiore sono le figure del cardinale legato Enrico e del cardinale Guido.

Sui piloni cilindrici sono raffigurati, a destra, partendo dall'ingresso: S. Uberto; S. Giovanni vescovo di Valencies; l'abate Guerrico discepolo di Bernardo; il vescovo di Losanna Bonifacio; Fastardo abate di Chiaravalle.

Sulle lesene ai fianchi del coro Malachia arcivescovo d'Ardmag e Stefano terzo abate di Citeaux.

A sinistra, sempre dall'ingresso: Gerardo cellerario di Claivaux; Godefrido vescovo di Langres; Corrado abate di Citeaux; Ugone vescovo di Auxerre; Pietro abate di Igni.

Sulle lesene Roberto fondatore dei Cistercensi e San Benedetto fondatore dei Benedettini.

Il coro di legno intagliato posto nella navata centrale, in corrispondenza delle ultime due navate chiuse, è una pregevole opera di Carlo Garavaglia, compiuta nel 1645.

Gli stalli, 24 per parte, sono disposti su due file, divisi ognuno da figure di angioletti collegati da una cimasa arricchita di fregi e da una serie di inginocchiatoi.

Gli schienali raffigurano scene della vita di San Bernardo.

Sopra il coro, a sinistra, un affresco raffigura una scena di monaci in preghiera, con figure di angeli volteggianti nel cielo: a destra, i monaci di Clairvaux che cantano il Te Deum tra un coro di angeli musicanti.

Sui pilastri all'intersezione tra la navata centrale e il transetto poggia il tiburio ottagonale, le cui pareti sono affrescate con scene che celebrano la gloria di Maria, opere di ispirazione giottesca del secolo XIV.

Il presbiterio, costituito dalla settima campata sull'asse principale della chiesa, è la zona più illuminata dell'edificio, perché riceve luce dal fondo piano dell'abside, dove si trovano tre alte finestre ad arco a pieno centro sormontate da tre oculi, dai due finestroni ai lati nord e sud, e dalle finestre della cupola.

L'altare maggiore barocco, del 1689, è quasi addossato alla parete di fondo. A destra, la cattedra abbaziale in legno intarsiato è opera del maestro Gottardo Tedesco, del 1576. Alla sommità è raffigurato San Pietro con le chiavi; nel quadro centrale la cicogna col pastorale, stemma dell'abbazia; nei tre riquadri dello schienale: al centro la Vergine che allatta il Bambino; ai lati San Bernardo con il modello dell'abbazia e San Benedetto con il libro della Regola.

In alto, negli spicchi della volta del presbiterio, sono affrescate le figure dei quattro Evangelisti con i relativi simboli. Nelle controfacciate sono invece affrescate a sinistra l'Adorazione dei pastori e a destra la Madonna del latte.

Il transetto

Il presbiterio è fiancheggiato da tre cappelle, una per ogni lato, che si aprono sui due bracci deel transetto. Nel transetto destro la prima cappella è dedicata San Bernardo; la seconda è una cappella con affreschi che illustrano la vita di Cristo, e sull'altare era posta, fino alla vigilia della prima guerra mondiale, la tavola  Cristo alla Colonna di Donato Bramante, ospitata ora alla Pinacoteca di Brera. La terza cappella illustra fatti della vita di San Benedetto. Nel transetto sinistro la prima è la cappella del Rosario, la seconda è dedicata a Santo Stefano e la terza cappella contiene una tela attribuita ai fratelli Campi da Cremona, con la Crocifissione.

Lungo la parete del transetto destro corre la scalinata che porta al dormitorio dei monaci, alla cui sommità, sulla parete del pianerottolo, è raffigurata la Madonna della buona notte di Bernardino Luini (1512). Sulla parete un grande affresco dei Fiamminghini, con l'albero genealogico dei benedettini, di cui l'Ordine cistercense è il ramo più cospicuo.