L'Abbazia di Chiaravalle (in latino Sanctae Mariae Claraevallis Mediolanensis, conosciuta anche come Santa Maria di Rovegnano) è un complesso monastico cistercense fondato ufficialmente il 22 gennaio del 1135, che costituisce uno dei primi esempi di gotico in Italia, pur con elementi romanici e tardo romanici.

La chiesa venne consacrata dal vescovo di Milano Enrico I da Settala il 2 maggio 1221, come ricorda la lapide posta nell'angolo nord-ovest del chiostro, che recita: "nell'anno di grazia 1135 addì 22.1, fu costruito questo monastero dal beato Bernardo abbate di Chiaravalle: nel 1221 fu consacrata questa Chiesa dal Signor Enrico Arcivescovo milanese, il 2 maggio, in onore di S. Maria di Chiaravalle".

Le prime costruzioni realizzate dai religiosi furono provvisorie, e solo tra il 1150 e il 1160 fu iniziata la costruzione della chiesa attuale, che poi si protrasse per circa 70 anni, fino al 1221, mentre di quella originaria non rimane più traccia.

I lavori proseguirono poi nella realizzazione del primo chiostro, situato a sud della chiesa. In seguito, nel XIV secolo, venne realizzato il tiburio e poi il refettorio. Nel 1412 venne costruita per volere dell'abate una piccola cappella in corrispondenza del transetto meridionale, rimaneggiata nel XVII secolo e oggi utilizzata come sacrestia.

Nel 1490 il Bramante e Giovanni Antonio Amadeo, su commissione del cardinale Ascanio Maria Sforza Visconti, fratello di Ludovico il Moro, iniziarono a costruire il Chiostro Grande e il capitolo. Nei secoli successivi diversi altri artisti importanti lavorarono all'Abbazia: da Bernardino Luini ai Fiammenghini che decorarono le pareti interne della chiesa.

Nel 1798, con la Repubblica Cisalpina, i monaci vengono cacciati e la chiesa diventa parrocchia; i beni dell'abbazia sono venduti e il monastero viene in parte distrutto: rimangono solo la chiesa, una parte del chiostro piccolo, il refettorio e gli edifici dell'ingresso: in pratica, ciò che possiamo vedere ancora oggi. Nel 1861, per far spazio alla linea ferroviaria Milano-Pavia-Genova, il chiostro grande del Bramante, pur costruito sul solo lato adiacente all'abbazia come visibile da stampe d'epoca, viene anch'esso distrutto.

Nel 1894 l'Ufficio per la Conservazione dei Monumenti compera l'abbazia dai privati che l'abitavano e inizia il restauro del complesso, continuato poi nel 1905 con quello della torre nolare, nel 1926 con il ripristino della facciata originaria, e tra il 1945 e il 1954 con ulteriori restauri e la ricollocazione del coro ligneo nella navata centrale, dopo essere stato trasferito nella Certosa di Pavia per motivi di sicurezza.

Nel 1952 i monaci cistercensi, grazie all'intervento Cardinale Ildefonso Schuster, tornano nell'abbazia e nel monastero, impegnandosi a terminare i restauri entro nove anni e ottenendo l'uso dell'abbazia e delle terre adiacenti per i successivi 29 anni, rinnovabili.

Tra il 1970 e il 1972 si effettuano i restauri degli affreschi del tiburio e nel 2004 vengano avviati i restauri della Cappella di San Bernardo posta a sinistra dell'ingresso, degli edifici del monastero e della foresteria, del mulino, ancora in corso